Beralamat di Jalan Jenderal Gatot Subroto 40-42 Jakarta 12190, Kantor Pusat Direktorat Jenderal Pajak
Desember 2006 berdasarkan PMK 131/PMK.01/2006, susunan organisasi Kantor Pusat DJP berubah kembali,terdiri dari 1 Sekretariat dan 12 Direktorat dan 1 Pusat yang dipimpin pejabat eselon II a yaitu :
- Sekretariat Direktorat Jenderal,
- Direktorat Potensi, Kepatuhan dan Penerimaan,
- Direktorat Peraturan Perpajakan I
- Direktorat Peraturan Perpajakan II,
- Direktorat Keberatan dan Banding,
- Direktorat Ekstensifikasi dan Penilaian,
- Direktorat Pemeriksaan dan Penagihan,
- Direktorat Penyuluhan, Pelayanan & Hubungan Masyarakat,
- Direktorat Teknologi Informasi Perpajakan,
- Direktorat Intelijen dan Penyidikan,
- Direktorat Transformasi Teknologi Komunikasi Informasi,
- Direktorat Transformasi Proses Bisnis.
- Direktorat Kepatuhan Internal& Transformasi Sumber Daya Aparatur,
- Pusat Pengolahan Data dan Dukumen Perpajakan
Selain itu terdapat juga 4 Tenaga Pengkaji, yaitu :
- Tenaga Pengkaji bidang Pelayanan Perpajakan
- Tenaga Pengkaji bidang Ekstensifikasi dan Intensifikasi Perpajakan
- Tenaga Pengkaji bidang Pengawasan dan Penegakan Hukum Perpajakan
- Tenaga Pengkaji bidang Pembinaan dan Penertiban Sumber Daya Manusia
Sedangkan unit kerja vertikal di daerah meliputi Kantor Wilayah DJP, Kantor Pelayanan Pajak (KPP), dan Kantor Pelayanan, Penyuluhan dan Konsultasi Perpajakan (KP2KP). Saat ini terdapat 31 Kantor Wilayah DJP di seluruh Indonesia, yang dipimpin pejabat eselon II a, yaitu :
- Kantor Wilayah DJP Wajib Pajak Besar, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Jakarta Khusus, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Jakarta Pusat, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Jakarta Barat, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Jakarta Selatan, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Jakarta Timur, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Jakarta Utara, di Jakarta
- Kantor Wilayah DJP Nanggroe Aceh Darussalam, di Banda Aceh
- Kantor Wilayah DJP Sumatera Utara I, di Medan
- Kantor Wilayah DJP Sumatera Utara II, di Pematang Siantar
- Kantor Wilayah DJP Riau dan Kepulauan Riau, di Pekanbaru
- Kantor Wilayah DJP Sumatera Barat dan Jambi, di Padang
- Kantor Wilayah DJP Sumatera Selatan dan Kepulauan Bangka Belitung, di Palembang
- Kantor Wilayah DJP Lampung dan Bengkulu, di Bandar Lampung
- Kantor Wilayah DJP Banten, di Serang
- Kantor Wilayah DJP Jawa Barat I, di Bandung
- Kantor Wilayah DJP Jawa Barat II, di Bekasi
- Kantor Wilayah DJP Jawa Tengah I, di Semarang
- Kantor Wilayah DJP Jawa Tengah II, di Surakarta
- Kantor Wilayah DJP DI Yogyakarta, di Yogyakarta
- Kantor Wilayah DJP Jawa Timur I, di Surabaya
- Kantor Wilayah DJP Jawa Timur II, di Sidoarjo
- Kantor Wilayah DJP Jawa Timur III, di Malang
- Kantor Wilayah DJP Bali, di Denpasar
- Kantor Wilayah DJP Nusa Tenggara, di Mataram
- Kantor Wilayah DJP Kalimantan Barat, di Pontianak
- Kantor Wilayah DJP Kalimantan Selatan dan Tengah, di Banjarmasin
- Kantor Wilayah DJP Kalimantan Timur, di Balikpapan
- Kantor Wilayah DJP Sulawesi Selatan, Barat dan Tenggara, di Makassar
- Kantor Wilayah DJP Sulawesi Utara, Tengah, Gorontalo dan Maluku Utara, di Manado
- Kantor Wilayah DJP Papua dan Maluku, di Jayapura











